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miR-152-3p靶蛋白差异表达及调控机制在肝癌复发中的作用

刘晨霞 常凯 那琬琳 王艳艳 牟东 李华 江忠勇 刘媛 熊杰

刘晨霞, 常凯, 那琬琳, 等. miR-152-3p靶蛋白差异表达及调控机制在肝癌复发中的作用[J]. 临床肝胆病杂志, 2021, 37(2): 364-369. DOI: 10.3969/j.issn.1001-5256.2021.02.023
引用本文: 刘晨霞, 常凯, 那琬琳, 等. miR-152-3p靶蛋白差异表达及调控机制在肝癌复发中的作用[J]. 临床肝胆病杂志, 2021, 37(2): 364-369. DOI: 10.3969/j.issn.1001-5256.2021.02.023
LIU CX, CHANG K, NA WL, et al. Role of differential expression and regulatory mechanism of miR-152-3p target proteins in the recurrence of hepatocellular carcinoma[J]. J Clin Hepatol, 2021, 37(2): 364-369. DOI: 10.3969/j.issn.1001-5256.2021.02.023
Citation: LIU CX, CHANG K, NA WL, et al. Role of differential expression and regulatory mechanism of miR-152-3p target proteins in the recurrence of hepatocellular carcinoma[J]. J Clin Hepatol, 2021, 37(2): 364-369. DOI: 10.3969/j.issn.1001-5256.2021.02.023

miR-152-3p靶蛋白差异表达及调控机制在肝癌复发中的作用

DOI: 10.3969/j.issn.1001-5256.2021.02.023
基金项目: 

国家自然科学基金 81301445

卫生部应用研究项目 28-1-16

详细信息
    作者简介:

    刘晨霞(1988—),女,检验技师,主要从事肿瘤复发相关机制研究

    通讯作者:

    熊杰,xiongjie610000@126.com

  • 利益冲突声明:本研究不存在研究者、伦理委员会成员、受试者监护人以及与公开研究成果有关的利益冲突,特此声明。
  • 作者贡献声明:刘晨霞、常凯、江忠勇负责课题设计、资料分析、撰写论文;那琬琳、王艳艳、牟东、李华参与收集数据、修改论文;刘媛、熊杰负责拟定写作思路、指导撰写文章并最后定稿。
  • 中图分类号: R735.7

Role of differential expression and regulatory mechanism of miR-152-3p target proteins in the recurrence of hepatocellular carcinoma

  • 摘要:   目的  比较肝癌复发与预后良好患者癌组织的蛋白表达,分析miR-152-3p相关的靶蛋白差异及调控机制,探讨miR-152-3p在肝癌复发中的作用。  方法  应用TMT标记全蛋白质组学测序方法和RT-PCR分别检测肝癌切除术后2年复发(n=6)与5年预后良好(n=6)患者肝癌组织的蛋白质表达和miR-152-3p的表达水平;联合六大数据库检索分析miR-152-3p靶基因,并运用Gene Ontology、DAVID和REACTOME数据库进行靶基因筛选、富集注释和信号转导通路富集分析;将筛选的miR-152-3p靶基因进行基因突变频率和生存曲线分析,验证miR-152-3p靶基因在肝癌复发中的作用。计量资料2组间比较采用独立样本t检验。肝脏组织有关基因生存率分析采用Kaplan-Meier分析。  结果  肝癌切除术后预后良好患者癌组织的miR-152-3p转录表达水平显著高于复发患者癌组织的水平(P<0.05)。蛋白测序结果显示,预后良好患者与复发患者的癌组织存在365个差异表达蛋白,联合肝癌复发数据库分析显示,其中有17个蛋白受miR-152-3p调控。进一步的信号通路分析发现,17个受miR-152-3p调控的靶基因其功能集中于线粒体核糖体翻译调控;多重富集发现靶基因与线粒体呼吸链复合体密切关系的蛋白6个,分别为AKAP1、FOXRED1、MRPL28、MRPL50、SHC1、STAU1。基因突变频率及生存曲线分析发现,线粒体呼吸链相关靶蛋白的功能缺失或减弱会严重影响患者的生存率。  结论  miR-152-3p在HCC切除术后预后良好和复发患者的癌组织表达差异显著,miR-152-3p在肝癌复发中作用机制可能是通过调控靶基因AKAP1、FOXRED1、MRPL28、MRPL50、SHC1、STAU1作用于线粒体呼吸链,影响细胞氧化呼吸功能导致肝癌复发。
  • 图  1  miR-152-3p候选靶基因的GO富集分析分布图

    注:a,GO生物学进程分布图;b,GO分子功能分布图;c,GO细胞成分分布图。

    图  2  TMT全蛋白组学定量检测分析miR-152-3p靶蛋白质的表达差异

    图  3  miR-152-3p靶蛋白参与呼吸链调控的预测途径

    图  4  miR-152-3p作用于线粒体呼吸链相关基因的突变率及生存曲线分析

    表  1  miR-152-3p靶蛋白的GO富集分析结果

    GO编号 项目 P Gene ID
    生物学过程
      GO: 0070125 线粒体翻译延伸 7.30×10-3 ENSG00000086504, ENSG00000136897
      GO: 0070126 线粒体翻译终止 7.40×10-3 ENSG00000086504, ENSG00000136897
      GO: 0007165 信号转导 8.03×10-3 ENSG00000131236, ENSG00000160691…
    细胞成分
      GO: 0005762 线粒体大核糖体亚基 4.13×10-3 ENSG00000086504, ENSG00000136897
      GO: 0005886 质膜 4.93×10-3 ENSG00000124214, ENSG00000169855…
      GO: 0005743 细胞线粒体内膜 5.60×10-3 ENSG00000110074, ENSG00000086504…
      GO: 0009986 细胞表面 8.05×10-3 ENSG00000169855, ENSG00000204525…
    分子功能
      GO: 0044822 Poly(A)RNA结合 1.49×10-3 ENSG00000074527, ENSG00000156587…
      GO: 0005515 蛋白质结合 8.02×10-3 ENSG00000215301, ENSG00000100077…
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    表  2  miR-152-3p靶蛋白的相关信号通路富集分析结果

    REACTOME编号 项目 P Gene ID
    R-HSA-428890 Slit/Robo信号通路 1.08×10-3 ENSG00000169855, ENSG00000131236
    R-HSA-5419276 线粒体翻译终止 9.94×10-3 ENSG00000086504, ENSG00000136897
    R-HSA-5368286 线粒体翻译启示 9.94×10-3 ENSG00000086504, ENSG00000136897
    R-HSA-5389840 线粒体翻译延伸 9.94×10-3 ENSG00000086504, ENSG00000136897
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    表  3  miR-152-3p靶基因的相关疾病富集分析结果

    编号 项目 P Gene ID
    1 蛋白质定量性状位点 4.99×10-3 ENSG00000169855,
    ENSG00000204525
    2 获得性免疫缺陷综合征 5.78×10-3 ENSG00000110074,
    ENSG00000086504…
    3 头颈癌 8.75×10-3 ENSG00000204525,
    ENSG00000105976
    4 乳腺癌 9.28×10-3 ENSG00000160691,
    ENSG00000107949…
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    表  4  miR-152-3p靶蛋白的组织定位富集分析结果

    组织库编号 项目 P Gene ID
    26802 正常胎盘组织 0.91×10-4 ENSG00000160691,
    ENSG00000107949…
    21061 正常结肠组织 5.68×10-3 ENSG00000169855,
    ENSG00000129353…
    899 正常脾组织 1.27×10-2 ENSG00000131236,
    ENSG00000204525…
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    表  5  miR-152-3p作用于线粒体呼吸链相关基因的突变频率统计表

    基因名 组内体细胞突变频率 GDC数据库内体细胞突变频率 拷贝数增加 拷贝数减少
    SHC1 5/150(3.33%) 163/10 202 74/152(48.68%) 4/152(2.63%)
    AKAP1 5/150(3.33%) 182/10 202 26/152(17.11%) 3/152(1.97%)
    FOXRED1 4/150(2.67%) 112/10 202 3/152(1.97%) 25/152(16.45%)
    MRPL28 2/150(1.33%) 58/10 202 9/152(5.92%) 12/152(7.89%)
    MRPL50 1/150(0.67%) 63/10 202 9/152(5.92%) 13/152(8.55%)
    STAU1 0/150(0.00%) 147/10 202 9/152(5.92%) 4/152(2.63%)
    下载: 导出CSV
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出版历程
  • 收稿日期:  2020-09-04
  • 修回日期:  2020-10-19
  • 刊出日期:  2021-02-20
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